Плавание от Мадейры до Рио-де-Жанейро, куда экспедиция прибыла 13 ноября, не ознаменовалось никакими событиями; но прием, оказанный португальцами, был не таким, на какой Кук рассчитывал. В течение всей стоянки происходили препирательства с вице-королем, человеком малообразованным и оказавшимся совершенно неспособным понять важное научное значение экспедиции. Однако он не мог отказать в снабжении англичан свежей провизией, которой у них совершенно не оставалось. 5 декабря в тот момент, когда корабль Кука шел мимо форта Санта-Крус, направляясь к выходу из бухты, по нему было произведено два пушечных выстрела. Командир немедленно приказал бросить якорь и потребовал объяснения причин этого нападения. Вице-король ответил, что комендант форта имел приказ не пропускать ни одного судна, если оно заблаговременно не предупредит о выходе, и что вице-король, хотя и получил сообщение Кука об отплытии, забыл довести об этом до сведения коменданта. Можно ли считать это проявлением все той же крайней нелюбезности со стороны вице-короля, или то была простая небрежность?
14 января 1769 года Кук вошел в пролив Ле-Мер.
«Прилив в это время был такой сильный, — говорит Кип-пис в своей книге «Жизнь капитана Кука», — что вода заливала мыс Сан-Диего, и корабль, увлекаемый сильным течением, долгое время шел, зарываясь бушпритом в волны. На следующий день бросили якорь в маленькой гавани, по выяснении оказавшейся Порто-Маурисио (Огненная Земля), а немного спустя перешли в бухту Буэн-Суссесо. Во время стоянки в этих местах с Банксом, Соландером, доктором Грином, Монкхаузом, корабельным врачом и сопровождавшими их людьми произошла необыкновенная и мало приятная история. Они пустились в путь к горе на поиски растений; когда они взобрались на нее, их неожиданно застиг такой сильный мороз, что им всем угрожала опасность погибнуть. Доктор Соландер впал в полусонное состояние. Двое слуг-негров умерли на месте. Лишь через два дня оставшиеся в живых добрались до корабля. Они испытывали живейшую радость, понятную лишь тем, кто сам избежал подобного рода опасности, а Кук выразил свое удовольствие, что кончились его волнения по поводу их отсутствия. Это событие показало, Насколько суров там климат. Дело происходило в разгаре лета в южном полушарии, и утро того дня, когда их захватил мороз, было таким теплым, каким обычно бывает май в Англии».